利用害蟲的習性進行防治。1、對菌蚊進入人工捕捉。2、將發生癭蚊的菌袋放在陽光下暴曬1--2小時或撒上石灰粉。  

　　水浸法防治。瓶栽或袋栽的可將水注入瓶、袋內，塊栽的可將栽培塊浸入水中壓上重物，浸泡2--3小時。浸泡后的瓶、袋瀝干水后放回原處。  

　　誘殺。1、對蚊蟲蛾用黑光燈或節能燈誘殺。方法是在燈下的盆內放入0．1％的敵敵畏，害蟲落入盆中即被殺死。2、對黏蟲可在強光燈處放置涂抹了40%聚丙乙烯的粘蟲板。  

　　曲霉的防治。1、及時清除廢料。2、瓶裝料時不能與瓶接相接。裝瓶完畢后洗凈瓶口除去雜物，保持棉塞清潔。3、施用5毫克／升的多菌靈，但必須在蘑菇采收完后施用。  

　　綠霉的防治。1、降低菇房的溫度和濕度，加大通風量，用草木灰覆壓有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飛揚。2、取生石灰9份，多菌靈一份，水適量拌勻，灌刷霉菌處。3、生料栽培時，每100公斤干料中添加克霉靈100克，可徹底防止霉菌滋生。4、在霉菌處撒上高錳酸鉀顆粒后在其外圍噴水。5、用5%的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排除石灰水，補上新料。6、在霉菌處涂刷95％的酒精或火油，點火將其燒掉，然后挖除，填補新料。  

　　對細菌的防治。1、培養基滅菌要徹底，滅菌時溫度、壓力、時間要達到要求。2、培養基做好后，在30℃的培養箱內放置一天后再用，以確保無細菌感染。3、培養基內可加入抗生素，一般以每毫升100--200單位為宜。